Ответственным исполнителем программы в соответствии с распоряжением правительства является Минпромторг России. В реализации программы участвуют Росморречфлот и Росрыболовство.
Строительство двух грузопассажирских паромов для паромной переправы Холмск - Ванино, соединяющей остров Сахалин с материковой частью РФ, остается под вопросом из-за цены строительства.
Строительство транспортного перехода через Керченский пролив будет осуществлять единый исполнитель, который должен будет внести 30% банковскую гарантию. Завершить возведение моста планируется в 2018 году.
Cтроительство сухогрузного района морского порта Тамань является востребованным проектом, достойной альтернативы которому в существующих экономических и геополитических реалиях нет.
В порту Ванино запланирована реконструкция причалов 5 и 6 (находятся в аренде у предприятия в соответствии с договором аренды с ФГУП «Росморпорт»), которая будет проходить за счет федеральных средств и частичного финансирования со стороны порта.